La interpretación del “Diagnostico de la Calidad del Agua, Sedimentos, Jacintos y Peces del Lago San Jacinto”, estudio encargado al “Laboratorio de Proyectos Ambientales de la Universidad Nacional Autónoma de México”, denominado “Informe de la UNAM”, ha brindado criterios preliminares para identificar las fuentes de contaminación y correlación entre los diferentes grupos de constituyentes de calidad del agua. Trazas de plaguicidas, contaminantes nutricionales (nitratos y fosfatos) y carga orgánica en la represa, parecen tener un origen común y obvio, fuentes difusas relacionadas con las actividades agrícolas y el arrastre de materia orgánica hacia la represa por las escorrentías. La presencia de trazas de plaguicidas clorados en la mayoría de los puntos de muestreo, no significa necesariamente contaminación por plaguicidas en la represa ni sus tributarios, pues estos no sobrepasan las normativas nacionales e internacionales para agua potable, a excepción del heptacloro que solo para las muestras tomadas a la entrada y salida de la Planta potabilizadora de San Jacinto, los niveles superan levemente los valores guías, pero no los máximos permisibles. Metales pesados como el plomo, están asociados a las partículas sedimentables y en suspensión, en estado insoluble y posiblemente en forma de minerales piritosos originados en las cabeceras de la cuenca, relacionados con afloraciones minerales (por ejemplo Cerro Bella Vista entre la comunidad de Bella Vista y Tolomosa).
