En tres décadas el río Guadalquivir pasó de ser una fuente de agua y zona de esparcimiento de la población tarijeña a ser un río con diferentes grados de contaminación ambiental. Las aguas superficiales y subterráneas son contaminadas por el vertido de aguas residuales domiciliarias de las zonas urbanas, actividades industriales y uso no planificado de agroquímicos; esto se acrecienta con el deficiente tratamiento de aguas residuales en los diferentes municipios de la cuenca. Las áreas de recarga de acuíferos y fuentes subterráneas en la cuenca del río Guadalquivir se encuentran en su mayor parte en la zona que comprende la Reserva Biológica del Sama. Estas áreas lamentablemente se encuentran presionadas en su capacidad hidrológica, por la pérdida de cobertura vegetal y la ampliación de nuevas fronteras agrícolas. La cobertura vegetal genera mayor infiltración de agua en el suelo, estabiliza suelos, disminuye el riesgo a la erosión, disminuye la energía cinética de la escorrentía y almacena el agua.
