El sistema de alcantarillado sanitario es parcial y no alcanza a toda la población. Por sectores descargan los colectores a 4 cámaras sépticas, las cuales se encuentran colmatadas y presentan a la fecha deficiencias en su operación, por lo tanto, las aguas residuales no reciben un tratamiento adecuado. El sistema de saneamiento actual es operado por el Comité de agua y alcantarillado de Padcaya. En caso de no ejecutarse ninguna mejora y/o ampliación del saneamiento, el peligro de contaminación en la localidad se incrementará con riesgos en la salud de los pobladores. Sin proyecto, la situación empeorará mucho mas al aumentar la contaminación del rio Huacanqui que pasa cerca a la localidad de Padcaya. Además esto afecta a los usuarios actuales con un servicio deficiente. El sistema de saneamiento presenta dificultades, concretamente, las cuatro cámaras sépticas (tratamiento primario, se encuentran en mal estado y colmatados, por ausencia de mantenimiento). Sumado a lo anterior, la operación y mantenimiento a cargo del Comité de agua y alcantarillado de Padcaya no le da el cuidado de este servicio
